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Alors que Conan et ses amis s'apprêtent à assister à une avant-première privée de Yaiba, le vengeur masqué, un meurtre se produit. Le danger se rapproche mais Conan s'attache à résoudre l'enquête.

Conan et ses amis ont fait la connaissance de Rena Mizunashi, une présentatrice de la télévision. Et voilà qu'ils découvrent qu'elle fait partie de l'organisation des hommes en noir. Ceux-ci compte se servir d'elle pour assassiner un candidat aux élections parlementaires. L'heure de l'éxecution du plan approche. Un affrontement sans merci entre l'organisation et le FBI doit éclater.

Conan-Sinichi est prisonnier du corps d'un garçon de six ans, malgré cela il mène des enquêtes difficiles avec succès.

Conan et les Détectives-Boys vont à la montagne. Ils y rencontrent une étudiante, Sakuko Kokura, membre d'un groupe occupé à construire un bonhomme de neige. Mais voilà que Conan et ses amis la retrouvent noyée dans un lac, au pied d'un précipice. Conan décide de résoudre cet incroyable crime.

Partis observer les étoiles avec le professeur Agasa, Conan et ses amis découvrent un cadavre réduit à l'état de squelette. Le soir même, l'un des clients de l'auberge dans laquelle ils se sont arrêtés disparaît. Conan a compris le dernier message de celui-ci.

Le murmure des flots permet à Conan de retrouver la mémoire ! Notre jeune détective s'appelle encore Shinichi et se trouve sur une plage avec Ran où il rencontre Sera pour la première fois... Mais aussi un jeune homme qui ressemble étrangement à Shûichi Akai...